SBGN (англ. Systems Biology Graphical Notation) — это язык графического представления элементов биологических систем и взаимодействий между ними, разработанная группой биохимиков, молекулярных биологов и биоинформатиков^[1].

История

Первые работы по созданию непротиворечивой и исчерпывающей системы, описывающей взаимодействия элементов биологических систем, провел Курт Кон (Kurt Kohn) в Национальном Институте Рака (NCI) ^[2]. Консорциум специалистов для разработки стандарта SBGN был создан Хироаки Китано (Hiroaki Kitano), директором Токийского Института Системной Биологии, в 2005 году.

Спецификация SBGN Process Description, переименованного впоследствии в Process Diagrams, была выпущена 23 Августа 2008 года^[3]. Изменения и исправления к спецификации опубликованы 1-го сентября 2009 года^[4] . Спецификация SBGN Entity relationship была опубликована первого сентября 2009 года^[5] одновременно с первой спецификацией SBGN Activity Flow^[6].

Виды диаграмм

Спецификация языка SBGN описывает три типа диаграмм:

• Диаграмма процессов (Process Descriptions, PD)
• Диаграмма взаимодействий (Entity Relationships, ER)
• Диаграмма потоков деятельности (Activity Flows, AF)

Используя эти три диаграммы биологи могут недвусмысленно представлять графически знания о структуре взаимодействий в биологической системы. При разработке стандартов большое внимание было уделено созданию ограниченного набора графических элементов (алфавита) со строго определенной семантикой. Ограниченность графического алфавита и простая грамматика делают SBGN простым и удобным, пригодным не только для научных публикаций, но и для использования в книгах и учебных пособиях.

Диаграмма процессов представляет биологическую систему как сеть взаимосвязанных и организованных во времени процессов^[3][4].

Диаграмма взаимодействий представляет биологическую систему в виде набора парных взаимодействий без учета их органицации во времени. Основной причиной создания этой диаграммы была необходимость преодоления эффекта, так называемого, комбинаторного взрыва. Системы описываемые SBGN-ER представляются как наборы правил, описывающих влияние элементов системы на взаимодействия внутри системы^[5].

Диаграмма потоков деятельности, в отличие от двух предыдущих, описывает систему не как совокупность физических агентов, молекулярных пулов (SBGN-PD) или отдельных агентов (SBGN-ER), а как поток информации между различными биохимическим активностями. Активность может быть реализована разными биологическими агентами (например разными ферментами имещющми общий EC номер), а также один агент может принимать участие в реализации нескольких биологических активностей (функций)^[6].

Программные продукты, поддерживающие стандарты SBGN (главным образом SBGN-PD) уже доступны^[7].

См. также

• UML

Ссылки

• Официальный сайт sbgn.org

Примечания