20-10-2023
Protein Data Bank, PDB — банк данных 3-D структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет.
PDB является один из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований, например, NIH в США требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB. Protein Data Bank содержит, в основном, первичные данные о структуре биологических молекул, в то время как существуют сотни других банков данных, категоризирующих первичные данные или выявляющие закономерности между строением молекул и эволюционным родством.[1]
Содержание |
Protein Data Bank был создан обычными учёными.[1] В 1971 году, Уолтер Хэмилтон (англ. Walter Hamilton) в Национальной лаборатории Брукхавена (англ. Brookhaven National Laboratory)) создал банк данных для Брукхавена. После смерти Хэмилтона в 1973 году, PDB управлял Том Кэцтл (англ. Tom Koeztle). В январе 1994 года главой Protein Data Bank стал Джол Суссман (англ. Joel Sussman).
В октябре Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB); перенос информации был закончен в июне wwPDB (Protein Data Bank in Europe (PDBe), Protein Data Bank in Japan (PDBj) и Bilogical Margnetic Resonance Bank (BMRB).
База данных Protein Data Bank обновляется еженедельно (в 0:00 часов по всемирному координированному времени, UTC, по средам). По состоянию на 31 января 2012, база данных содержит:
| Метод исследования |
Белки | Нуклеиновые кислоты | Комплексы белков и нуклеиновых кислот |
Другое | Всего |
|---|---|---|---|---|---|
| Дифракция рентгеновских лучей | 64591 | 1337 | 3187 | 2 | 69117 |
| ЯМР | 8108 | 966 | 186 | 7 | 9267 |
| Электронная микроскопия | 277 | 22 | 101 | 0 | 400 |
| Смешанный | 42 | 3 | 2 | 1 | 48 |
| Другое | 138 | 4 | 5 | 13 | 160 |
| Всего: | 73156 | 2332 | 3481 | 23 | 78992 |
Преобладающая часть структур получена при помощи метода диффракции рентгеновских лучей, около 15 % — при помощи ЯМР белков, и лишь малая часть — при помощи крио-электронной микроскопии.
Некоторое время количество структур в PDB росло экспоненциально, но с 2007 года, прирост несколько пригас.
Каждая структура, опубликованная в PDB получает четырёхзначный идентификатор (комбинация цифр и букв латинского алфавита). Данный шифр не может служить идентификатором биомолекул, так как часто разные структуры одной и той же молекулы, например, в различной среде, могут иметь различные PDB ID.
Структуры могут быть просмотрены при помощи нескольких компьютерных программ (как бесплатных и распространяющихся по лицензии open source, так и платных, распространяющихся не с открытым кодом) и плагинов к веб-браузерам.[4]
| Это заготовка статьи по молекулярной биологии. Вы можете помочь проекту, исправив и дополнив её. |
Protein Data Bank.
