Геноти́п (ви́руса) — таксономическая единица вирусов, по уровню примерно соответствующая подвиду высших организмов. Например, у вируса гепатита B выделяют 8 генотипов: A, B, C, D, E, F, G, H.

Выделение генотипов производится на основе сравнения нуклеотидных последовательностей различных штаммов вируса. Критерий для отнесения двух штаммов вируса к разным генотипам зависит от вариабельности генома. Так, у вируса гепатита C штаммы одного генотипа имеют 65-70 % одинаковых нуклеотидов, а у вируса гепатита A — 80-85 %.

Обычно генотипы обозначают цифрами или буквами латинского алфавита, но единых правил обозначения нет.

Генотипы, в свою очередь, подразделяют на суб(гено)типы. Например, у 1 генотипа вируса гепатита C различают субтипы 1a, 1b, 1c и т. д.